新疆龟兹石窟研究院（原新疆龟兹石窟研究所）成立于1985年，所址设在克孜尔石窟。研究院是自治区文化厅下属的唯一一个驻外事业单位，主要工作任务是对古龟兹地区（阿克苏地区库车、拜城、新和等县）已发现和未发现的佛教石窟进行科学的保护、管理、研究。研究院负责并承担保护和管理的石窟群共有9处（目前全部为全国重点文物保护单位）。
分布在拜城境内的有克孜尔石窟、台台尔石窟、温巴什石窟。
克孜尔石窟位于拜城县克孜尔乡东南7公里的木扎提河北岸却勒塔格山对面的断崖上，距离拜城县约65公里。石窟总体走向呈东西向，绵延三公里。洞窟分为四个区域：谷西、谷内、谷东和后山。编号洞窟有269个。尚有一批未编号洞窟，洞窟总数近350个。 石窟群所处北纬41°46′59″～41°47′11″东经82°30′03″～82°30′32″。海拔为1245米
台台尔石窟位于新疆维吾尔自治区拜城县克孜尔镇东北约六公里处，与克孜尔东南七公里处的克孜尔石窟恰好置于南北一条支线上。克孜尔石窟开凿在木扎提河北岸的断崖上，台台尔石窟则坐落于这一断崖顶部向北延伸出去的戈壁丘陵上，两者的高差约在百米以上。石窟群所处北纬41°52′25.7″～41°53′14.9″，东经082°26′22.4″～082°27′27.1″，海拔为1240～1270米。石窟群的范围，东西长约400米，南北宽约160米，洞窟分布在东西两座山丘上。目前编号洞窟19个，约一半窟形完整，其中有4个洞窟保存有精美壁画。
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