公元13世纪后，库车归属蒙古各汗国长达460年。14世纪中叶，额什丁和卓在秃黑鲁·帖木儿汗的支持下，开赴库车展开了大规模的宣教活动。在库车修建清真寺，建立宗教法庭，举办经文学校，并大肆摧毁佛教文化。后来发生的两教战争使库车的佛教势力基本消失，当地居民也全部信奉了伊斯兰教。
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