清前期，库车受准噶尔汗国控制，乾隆二十三年（公元1758年）平定叛乱后，在库车设办事大臣，同时实行伯克制辖理维族事务。清末新疆建省，以行省取代军府制；设库车直隶抚民厅属阿克苏道，自此正式纳入祖国内地统一的行政制度。
库车城自归附清廷起，就一直是库车、直隶厅、直隶州及县的所在地。分汉城、回城两城，分别驻军和维族居民。
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